Plan de Ayutla y se exige la destitución del dictador también queda restablecida la Academia Mexicana de la Lengua, y Couto figura como uno de sus miembros de número y elabora y redacta su reglamento.
Dos años después de la revolución de Ayutla y seguramente como reacción a las novedades inauguradas por ella, Couto escribe su Discurso sobre la constitución de la Iglesia, réplica madura de aquel escrito de juventud ya nombrado anteriormente. En 1857, en plena guerra entre liberales y conservadores, y él militando en el partido de estos últimos, fue elegido diputado al Congreso Constituyente para constituir a la nación mexicana en forma de república democrática representativa; también fue vocal de la junta que debía nombrar presidente provisional y apareció como miembro del tribunal que se formó para juzgar a los ministros, fiscal y procurador general del Supremo Tribunal de la Nación.
En 1859 entró en calidad de socio honorario a la Sociedad de Geografía y Estadística; en julio de aquel año don Benito Juárez concretaba las Leyes de Reforma; en 1860 fue rector del Ilustre y Nacional Colegio de Abogados y escribió la biografía de don Manuel Carpio.
El 11 de enero de 1861 Benito Juárez entró a la ciudad de México, después que las tropas liberales vencieran a las conservadoras en Silao y Calpulalpan. Los conservadores iniciaban sus tratos con los gobiernos europeos para establecer un imperio. Entre diciembre de 1861 y enero de 1862 desembarcaban en Veracruz las primeras tropas intervencionistas y don José Bernardo Couto, retirado ya de su puesto en la Academia, escribía su libro Diálogo sobre la historia de la pintura en México.
El 5 de mayo los franceses sufrieron un revés en Puebla, lo que no impidió que al año siguiente el gobierno de Benito Juárez se viera obligado a establecerse en Paso del Norte; el 3 de julio de 1862 Napoleón III daba a Elías Federico Forey instrucciones en las que, entre otras, se indicaba que si los mexicanos optaban por una forma monárquica de gobierno se les señalaría que el candidato de Francia era el archiduque Maximiliano. El 11 de noviembre de ese mismo año muere don José Bernardo Couto, sin llegar a ver la suerte que correría el territorio de su patria que había defendido, una vez más invadido por extranjeros.
Cuando uno repasa los hechos significativos en la vida de José Bernardo Couto, no deja de llamar la atención cómo se mezclan con sucesos alarmantes de la historia nacional. La vida cotidiana del país seguía muy a su pesar desarrollándose, si no tranquilamente, sí con proyectos y acciones diferentes de los ámbitos militar o legal, sobre todo en lo que a cultura se refiere.
A Couto le tocó vivir un tiempo en que los hombres de pensamiento se sentían avasallados por los hechos y veían con notable pesimismo la situación del país. Sin embargo, muchos de sus contemporáneos, e incluso el
