A la sombra de este maestro realizó quizá su primer escrito profesional en 1823, la Memoria sobre el desagüe del valle de México, obra presentada por Mora pero que nunca reivindicó como suya; Couto, tímidamente, en la biografía que hizo de su maestro dijo que «no la escribió él [Mora] sino un discípulo suyo que lo acompañó en la visita».11 La autoría queda absolutamente aclarada cuando al citarla en el elenco de su biblioteca puso como autor a Mora, pero entre paréntesis su nombre, Couto.
Seguramente también bajo la influencia de lo aprendido con el doctor Mora, ya que en aquella época se encontraba trabajando con él como pasante, Couto escribió un trabajo para el certamen que en 1825 organizó el Congreso del Estado de México, el cual tenía como tema la naturaleza y los límites de la autoridad pontificia. La elección de este tema se había suscitado por la aparición de una apócrifa carta encíclica que se decía escrita por el papa León XII, en la que se incitaba a los obispos americanos a predicar en contra de la independencia de las colonias españolas.
Este primer Discurso sobre la constitución de la Iglesia escrito por Couto mereció el primer premio; sin embargo, treinta y dos años más tarde se retractó de lo que ahí decía. Esta rectificación y los hechos a que ella dio lugar nos pintan cabalmente quién era don José Bernardo Couto. Durante los primeros meses de 1858 se desató una polémica a raíz de que el periódico La Cruz publicó este trabajo de juventud de Couto y acto seguido en las páginas del Monitor Republicano se le diera respuesta. Como parte de esta polémica apareció el Libro de los códigos, del señor Mercado, mismo que había iniciado el ataque, y es cuando Couto se siente con la obligación de contestar con una generosidad y rectitud que no se merecía aquel que le atacaba por sus escritos de juventud. En una carta dirigida a la redacción de La Cruz, Couto aceptaba del señor Mercado, como él mismo escribió:
Su censura, [que] lejos de pecar de destemplada, es quizá demasiado indulgente: a mí me pareceria perfectamente justa, si fuese todavía más severa y más completa... Ni la circunstancia de ver atacada la Independencia nacional, ni la mocedad del autor que aún se hallaba con la leche de la escuela en los labios, bastan para disculpar el arrojo que se nota en las doctrinas, o la acedia que mancha el lenguaje.12
A pesar de la humildad de Couto y de que en toda su respuesta nunca hubo intención de polémica o de refutación, al darle sólo una razón y justificación histórica —que nunca consideró el señor Mercado al hacer resucitar treinta y dos años después dicho texto— lo desarma. Couto agregaba:
